Ospitato dal 2000 nel complesso di Santa Maria la Nova, che dal 1521 ospitava l'ordine delle suore canossiane, il museo incentra la sua raccolta sulla storia del territorio nolano, dal periodo preistorico a quello medievale, attraverso rilievi, maioliche, anfore, sculture, busti imperiali e tombe, frutto di donazioni da parte di privati o di enti pubblici del territorio regionale. A questi si aggiungono anche affreschi della tradizione napoletana.

Il percorso si snoda su tre piani ed ospita anche un plastico del Villaggio di Croce del Papa e molte tombe del periodo etrusco. Un'intera sezione, poi, è dedicata alle "riggiole" di Napoli e alla Villa di Augusto di Somma Vesuviana. Molti reperti, inoltre, provengono anche dalle Basiliche Paleocristiane della vicina Cimitile e dalle ricostruzioni del periodo sannita.